Das Melanchthonhaus beherbergt eine umfangreiche wissenschaftliche Spezialbibliothek zum Werk und Wirken Philipp Melanchthons, die weiter ergänzt wird. Die Europäische Melanchthon-Akademie widmet sich der wissenschaftlichen Erschließung und Erforschung dieser Bestände. Sie inspiriert mit Publikationen, Tagungen und Foren die internationale Melanchthon-Forschung und liefert somit Beiträge zu einem neuen, facettenreichen Bild des Brettener Reformators, das ihn als ebenso eigenständige wie wirkmächtige Persönlichkeit neben Martin Luther erscheinen lässt. Die Leitfragen des Forschungsprogramms der Melanchthon-Akademie sind:

• Die Person und das Wirken Philipp Melanchthons;
• Die reformationsgeschichtliche Bedeutung Melanchthons;
• Melanchthon als „Ökumeniker der Reformation“ (Melanchthons Bedeutung für die innerprotestantische Ökumene und das Gespräch mit Rom in Geschichte und Gegenwart);
• Melanchthons Verhältnis zum Islam und zum Judentum;
• Melanchthon und die humanistische Bewegung seiner Zeit;
• Die universale Gelehrsamkeit Melanchthons (Theologie, Philosophie, Naturphilosophie, Naturwissenschaft, Mathematik, Astronomie, Astrologie, Geschichtswissenschaft, Medizin, Psychologie, antike Dichtung);
• Die europäische Wirkung Melanchthons.